Při vedení účetních agend neziskovým organizacím platí všechny principy jako u podnikatelských subjektů.

Ze zkušeností však víme, že je nutné klást vleký důraz na pečlivost při evidování nákladů a výnosů ve vztahu k dotacím. Tyto dotace jsou velmi často kontrolovány a přehledným vedením lze ušetřit mnoho času a námahy, jak pro kontrolní orgány tak i pro organizaci samotnou. Pečlivě zpracované podklady dotací také dávají dobrou vizitku organizaci a mohou pomoci při získávání dotací nových.